PythonでR

  1.  設定
    • Mac PortsでPyrhonとRは入れておく
    • Rpy2をダウンロード(参考
    • 解凍してインストール
      • tar xvf rpy2-2.0.2.tar.gz
      • setup.pyに直接Rへのパスを書く
        #HOMES = os.getenv('RHOMES')
        RHOMES = "/Library/Frameworks/R.framework/Resources"
      • sudo python setup.py install
    • .bashrcにパスを追加(下記のパスにライブラリーがある必要あり)
      • export R_HOME=/Library/Frameworks/R.framework/Resources
  2. 入門
    • Rのデモを見る
      • ipython -pylab # Pythonを起動
      • import rpy2.robjects as rob # Rオブジェクトのモジュールをインポート
      • r = rob.r
      • r.demo("graphics")
    • Rの定数を使う
      • import rpy2.robjects as rob
      • r = rob.r
      • print r["pi"] 
      • print 10 * r["pi"][0] # 結果はRオブジェクト
    • 正弦曲線の描画
      • import rpy2.robjects as rob
      • x = arange(0, 2*pi)
      • rx = rob.FloatVector(x)
      • y = sin(x)
      • ry = rob.FloatVector(y)
      • r.plot(rx, ry, xlab="x", ylab="sin(x)")
    • ウィンドウを開く、閉じる
      • r.quartz() # Mac
      • r.X11() #Linux
      • r('dev.off')()
    • 検定
      • import rpy2.robjects as rob
      • r = rob.r
      • x = rob.IntVector([1, 2, 2, 2, 2])
      • y = rob.IntVector([1, 2, 3, 3, 3])
      • print r('t.test')(x, y) #T検定
      • print r.cor(x, y) #相関分析; r('cor')(x, y)でも可
  3. 応用
  4. 参考
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